En War Commander debemos construir distintas instalaciones para obtener recursos. Además tendremos la posibilidad de controlar todo tipo de unidades de guerra, entre las que podemos distinguir: infantería, tanques, torretas, etc. situándolas en el campo de batalla para defender el área o atacar al enemigo dependiendo de la situación. Sin embargo, cada una de estas unidades se rige individualmente y no en grupos como ocurre en otros juegos de Facebook.
Podremos participar en dos campañas, ambas desde el bando aliado. La primera de ellas comienza en las playas de Utah, mientras que la otra se desarrolla en Omaha. A partir de ahí, iniciaremos una serie de misiones, 12 por campaña, con el procedimiento tradicional. No obstante, cada una de estas misiones posee un objetivo principal, normalmente destruir algo, y uno o más objetivos secundarios, que nos permiten acceder a misiones secretas.
Mientras juegos como CityVille o FarmVille de Zynga están diseñados para captar a jugadores más casuales, War Commander pretende captar a un público de jugadores mucho más inmerso en el mundo de los videojuegos. Por lo que War Commander se constituye como todo un ejemplo de juego de estrategia a tiempo real llevado a las redes sociales.